Вечером 17 августа 1681 года, возвращаясь из 15-летней ссылки в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, на переправе через реку Которосль (около Ярославля) умер патриарх Никон.
За всеми гонениями на патриарха Никона, как подчеркивает митрополит Иоанн (Снычев) в книге «Русская симфония», стояло «боярство, сумевшее вовлечь в свои планы царя (Алексея Михайловича – С.И.), которое стремилось «существенно усилить влияние государства в церковной жизни, одновременно сократив воздействие Церкви на светскую власть».
Изначально отношения патриарха Никона с молодым царем Алексеем Михайловичем (когда он взошел на престол, ему было 16 лет) были дружескими, он был, как тогда говорили, «собинным» (т.е. особым) другом царя. Как пишет митрополит Иоанн (Снычев), державные заслуги первосвятителя были велики и несомненны:
«Он сыграл чуть ли не решающую роль в деле присоединения Малороссии, благословил царя на войну с Польшей ради воссоединения русских земель. Отправляясь в 1654 году в поход, Алексей оставил Никона правителем государства, несмотря на очевидное недовольство родовитых бояр. По возвращении с войны встреченный патриархом в Вязьме царь от радости при свидании наградил Никона титулом «великий государь»».
Однако уже через 4 года вследствие интриг со стороны части бояр и духовенства ситуация начала меняться: царь начал отменять некоторые распоряжения патриарха, стал назначать священников и игуменов без согласования с Никоном. Наконец, летом 1658 года произошел открытый разрыв.
«Царское величество на тебя гневен, - объявил святейшему князь Юрий Ромодановский, посланник царя. - Ты пренебрег царское величество, и пишешься великим государем, а у нас один великий государь - царь».
В качестве протеста утром 10 июля 1658 года после совершения литургии Никон объявил, что он оставляет патриаршую кафедру, поставил посох к Владимирской иконе Божией Матери и удалился в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь.
«Бывали на Руси и раньше случаи оставления престола иерархами, но такого принародного ухода (и сохранения за собой патриаршего звания без управления делами) не случалось. Никон становился как бы живым укором для тех, кто настраивал царя против первосвятителя»,
- пишет Иоанн (Снычев).
Время шло, и положение Русской Церкви, лишенной законного управления, становилось нестерпимым. Наконец, в 1666 году в Москве собрались на собор русские пастыри, прибыли и специально приглашенные по этому поводу царем патриарх Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский, имея полномочия от остальных православных патриархов для решения судьбы Никона.
Как сообщается в книге историка Николая Костомарова «Русская история в жизнеописаниях ее главнейших деятелей», низложение патриарха Никона состоялось 12 декабря 1666 года на третьем заседании собора, которое проходило в Благовещенской церкви Чудова монастыря.
13 декабря толпы народа стали собираться, чтобы посмотреть, как повезут низверженного патриарха. Но, во избежание соблазна, народу сказали, что Никона повезут через Спасские ворота по Сретенке, и люди устремились в Китай-город, а Никона повезли через противоположные ворота.
По решению соборного суда монах Никон был сослан сначала в Ферапонтов Белозерский монастырь, а после смерти царя Алексея Михайловича в 1676 году был переведён под более строгий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь.
Как пишет Николай Костомаров, при дворе молодого Федора Алексеевича за Никона явилась заступница - сестра покойного царя Татьяна Михайловна:
«Она издавна уважала Никона. Со своей стороны, учитель Федора, Симеон Полоцкий, также хлопотал за сверженного патриарха. Царь облегчил положение Никона, не велел его стеснять и предложил патриарху перевести изгнанника в Воскресенский монастырь. Со своей стороны, иноки Воскресенского монастыря подали царю челобитную и умоляли возвратить им Никона «как пастыря к стаду, как кормчего к кораблю, как главу к телу»».
Однако этому возвращению препятствовал патриарх Иоаким, который говорил царю, что «дело учинилось не нами, а великим собором и волею святейших вселенских патриархов; не снесясь с ними, мы не можем этого сделать».
«Царь, несколько раз повторивши такую просьбу, собрал собор; но и собор, руководимый патриархом Иоакимом, не исполнил желания царя. Царь только написал к Никону утешительное послание. Так проходило время; наконец, кирилловский архимандрит известил Иоакима, что Никон болен, принял схиму и близок к смерти, и спрашивал разрешения: как и где похоронить Никона? Тогда царь снова молил патриарха и собор сжалиться над заточником и, по крайней мере, перед смертью порадовать его свободой. На этот раз патриарх и освященный собор благословили царя возвратить Никона из заточения»,
- сообщается в книге Николая Костомарова.
Это уже было в 1681 году… После благословения собора царь немедленно послал дьяка Чепелева привезти Никона в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. К этому времени Никон от болезни и старости уже едва передвигался. Его привезли на берег Шексны, посадили в струг и поплыли, по его желанию, на Ярославль. Везде по берегу стекался народ, просил благословения у Никона. Его сопровождал кирилловский архимандрит Никита. Утром 16 августа достигли они Толгского монастыря неподалеку от Ярославля. Как пишет Николай Костомаров, 17 августа народ пришел из города и сёл встречать Никона на берегу реки Которосли, куда вошел струг с Волги:
«Толпа бросилась в воду и тащила струг на берег. Никон был в совершенном изнеможении и ничего уже не мог говорить. Народ целовал ему руки и ноги. День склонялся к вечеру; начали благовестить к вечерне. Никон в это время немного ободрился, оглянулся вокруг себя и начал оправлять себе волосы, бороду, одежду, как будто готовясь в путь. Архимандрит Никита понял, что настает последний час его и начал читать отходную. Никон протянулся на постели, сложил руки на груди и скончался».
Дьяк поспешил в Москву известить о смерти бывшего патриарха. Ему встретилась царская карета, посланная за Никоном. Царь приказал привезти тело Никона в Воскресенский монастырь, где опальный патриарх и был погребен.