В Афганистане «Шишига» использовалась советскими войсками как для перевозки грузов и пассажиров, так и в качестве платформы для огневых точек. Например, на грузовики ставили автоматические пушки, минометы и тяжелые пулеметы. Впрочем, в первую очередь ГАЗ-66 использовался все-таки для транспортных нужд. И именно здесь в Афганистане у в целом проверенного грузовика вскрылось новые недостатки.
Во-первых, машина не лучшим образом показывала себя в высокогорном афганском климате. Из-за разреженного горного воздуха потребление горючего двигателем «Шишиги» заметно увеличивалось. В этом не было бы такой проблемы, если бы мощность двигателей ГАЗ-66 в горных условиях не начинала падать. Порой доходило до того, что людям, при движении на затяжном перевале, приходилось спешиваться и идти рядом с грузовиком. Или же грузовик просто проходилось брать на буксир другой техникой.
Но главный недостаток «Шишиги» заключается в том, что водительское место располагалось прямо над передними колесами. Это отличало ГАЗ-66 от многих других советских грузовиков таких, как КрАЗ, ЗиЛ, «Урал».
Из-за этой особенности в случае наезда колесом на мину передний пассажир и водитель «Шишиги» гарантированно погибали в результате взрыва. У других грузовиков между колесом и кабиной имелось расстояние в 0.8-1.2 метра. Это кажется немного, однако зачастую «спасительный метр» был тем единственным, что стояло между жизнью и смертью для человека за рулем.
